11月22日, 医学信息学院教师章志远于Frontiers in Microbiology杂志 (JCR一区；中科院二区Top期刊) 在线发表题为“Mr.Vc v2: An updated version of database with increased data of transcriptome and experimental validated interactions”的研究论文。该文章中，医学信息学院叶明全教授和张浩副教授为论文共同通讯作者，皖南医学院为第一工作单位。

文章信息

该研究中，作者完成了霍乱弧菌的基因组信息更新、未知操纵子功能挖掘、RNA-seq、Tn-seq、Chip-seq数据的收集、处理与可视化以及系统的基因关联性分析、实验条件关联性分析、差异基因表达分析等；同时，本研究基于数百种实验条件下的霍乱弧菌基因表达谱特征，创新性的提出了”Active gene”的概念，为后续多功能基因的生物学意义研究提供了理论支持与方向。作者还利用文本挖掘技术，对霍乱弧菌相互作用及证据进行了抽提，共获得1,292条互作信息，包括蛋白-蛋白相互作用、转录调控因子-基因相互作用、蛋白-化学信号分子相互作用及霍乱弧菌-宿主相互作用。正如审稿人所说：“Mr.Vc数据库将引起相关领域研究者的极大兴趣，同时也为他们提供了一个全面而有用的工具”。Mr.Vc提供许多实用的在线工具，包括基因表达可视化、操纵子成员表达谱可视化、关联性分析等功能。此外，Mr.Vc增加了全局搜索功能，用户可以快速定位到其所需的注释信息。

该工作得到了国家自然科学基金，安徽省重点研发计划等项目的资助，同时计算工作得到了医学信息学院高性能计算服务平台的支持。

参考文献：Zhang Z, Chen G, Hussain W, Qin Z, Liu J, Su Y, Zhang H and Ye M (2022) Mr.Vc v2: An updated version of database with increased data of transcriptome and experimental validated interactions. Front. Microbiol. 13:1047259. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.1047259/full

Mr.Vc v2工作流程

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（章志远/文  李祥子/审）