【科研动态】医学信息学院青年教师章志远发布临床致病菌霍乱弧菌综合数据库第二版
时间:2022-11-30阅读次数:

11月22日, 医学信息学院教师章志远于Frontiers in Microbiology杂志 (JCR一区;中科院二区Top期刊) 在线发表题为“Mr.Vc v2: An updated version of database with increased data of transcriptome and experimental validated interactions”的研究论文。该文章中,医学信息学院叶明全教授和张浩副教授为论文共同通讯作者,皖南医学院为第一工作单位。

文章信息

该研究中,作者完成了霍乱弧菌的基因组信息更新、未知操纵子功能挖掘、RNA-seq、Tn-seq、Chip-seq数据的收集、处理与可视化以及系统的基因关联性分析、实验条件关联性分析、差异基因表达分析等;同时,本研究基于数百种实验条件下的霍乱弧菌基因表达谱特征,创新性的提出了”Active gene”的概念,为后续多功能基因的生物学意义研究提供了理论支持与方向。作者还利用文本挖掘技术,对霍乱弧菌相互作用及证据进行了抽提,共获得1,292条互作信息,包括蛋白-蛋白相互作用、转录调控因子-基因相互作用、蛋白-化学信号分子相互作用及霍乱弧菌-宿主相互作用。正如审稿人所说:“Mr.Vc数据库将引起相关领域研究者的极大兴趣,同时也为他们提供了一个全面而有用的工具”。Mr.Vc提供许多实用的在线工具,包括基因表达可视化、操纵子成员表达谱可视化、关联性分析等功能。此外,Mr.Vc增加了全局搜索功能,用户可以快速定位到其所需的注释信息。

该工作得到了国家自然科学基金,安徽省重点研发计划等项目的资助,同时计算工作得到了医学信息学院高性能计算服务平台的支持。

参考文献:Zhang Z, Chen G, Hussain W, Qin Z, Liu J, Su Y, Zhang H and Ye M (2022) Mr.Vc v2: An updated version of database with increased data of transcriptome and experimental validated interactions. Front. Microbiol. 13:1047259. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.1047259/full


Mr.Vc v2工作流程

科研兴趣小组组员招聘:

当前主要方向为

1.生物信息数据库及工具的开发;

2.微生物研究中分类模型的开发(基因、蛋白序列,CT影像数据等)、组学数据预处理算法的开发(测序数据与杂交数据共同分析)

3.基于计算方法和多组学数据集成系统研究临床致病菌致病机制。

欢迎感兴趣的同学积极加入!(咨询邮件:zhangzhiyuan@wnmc.edu.cn)



(章志远/文  李祥子/审)



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